长春亚泰足球俱乐部于1996年6月6日正式成立，由吉林亚泰（集团）有限公司投资1000万元，俱乐部首任主教练为李旭川，董事长为亚泰集团总裁宋尚龙有限公司石国彦一，顾问为中国足协原主席年维思。

1997年，长春亚泰参加全国足球乙级联赛。

在1997年至1999年连续三次征战AB联赛失败后，长春亚泰与八一超河源联赛于2000年秘密合并，组建长春亚泰狮队参加2000年AB联赛，并取得甲乙联赛第五名的成绩同济能通是一个关系密切的外国人。长春亚泰决定投资1500万元，永久买断八一超能参加A、B级比赛的权利，从此，长春亚泰成为一支真正的职业球队。

2001年，长春亚泰击败成都五牛，以净胜球优势获得甲乙联赛第二名。但中国足协最终认定其涉嫌假球，并取消了寿州静思的晋级名额。

2002年，长春亚泰主教练尹铁生和球队10名主力球员受到中国足协的处罚和停赛。长春亚泰以8胜4平10负积28分排名国足甲乙联赛第八名。 。高健以7粒进球成为本赛季长春亚泰队的最佳射手。

2 2003年，长春亚泰15胜8平3负，进51球，失15球，积53分。领先第二名河南建业5分，无望取得九连胜。火金大富翁最终夺得AB联赛冠军，成为中超联赛第一位替补。不过，按照中国足协的规划，配额年是调整年。进入中超的12家具乐部必须经过严格考核，暂停升降级。长春亚泰压制张建龙，未能力挺中超。杜震宇以11粒进球成为本赛季长春亚泰队的最佳射手。

2004年，中甲联赛有两个晋级名额。不过，今年预选赛中，长春亚泰的多名主力是从国奥队调来的，这影响了长春亚泰的实力和积分。他们后期努力追赶，但已经超越了武汉和中国，没能再次超越。

2005年7月，国奥教练组集体调往长春亚泰。他们将曹明、杜震宇等球员带到了361旗下，最终提前完成了超越联盟的使命。

2006年，长春亚泰首次征战中超联赛，以13胜7平8负积46分排名联赛第四。曹天宝以9粒进球成为本赛季长春亚泰队的最佳射手。

2007年11月14日，长春亚泰最后一轮战胜深圳上清银，以16胜7平5负的成绩，长春亚泰以55分领先北京国安1分，夺得中超联赛果米京食证兰冠军。成为大连实德、上海申花、山东鲁能、深圳健力宝职业化以来的第五座冠军。当时入选国家队的有杜震宇、王栋、宗磊、张小飞、张宝峰五名球员。

2008年5月22日，亚冠小组赛最后一轮，长春亚泰0-0战平阿德莱德联。虽然他们以3胜3平保持不败，但落后于阿德莱德。曼联队遗憾积2分惨遭淘汰。

2009年1月，李树斌独自执教长春亚泰。在球队两名核心成员杜震宇和王栋因伤长期缺阵的情况下，李树斌带领球队获得了当年中超联赛的亚军。并获得2010年亚冠联赛参赛资格。 2009年12月4日，长春亚泰队的卡巴列罗在中超联赛颁奖典礼上荣获“中超联赛最佳球员”。

2010年3月9日，亚冠联赛F组比赛中，长春亚泰主场9-0印尼冠军佩西普拉，高健和金尼上演帽子戏法消化掉这座城市。魔术队9-0的比分也创造了中国俱乐部队在亚冠联赛中的最大胜利。 2009赛季中超联赛亚军长春亚泰在2010年中超联赛中成绩大幅下滑。直到联赛倒数第二轮，他们才勉强保级。球队最终获得中超联赛第9名。

2011年9月17日，长春亚泰在主场2-1击败广州恒大，成为第一支打破广州恒大在中超联赛和中超联赛43场不败纪录的球队。赛季结束，长春亚泰最终获得联赛第七名。赛季末发生某事件后，俱乐部宣布沉祥福不再担任球队主教练，接替者将是拥有塞尔维亚和塞浦路斯双重国籍的萨布利奇。

2012年2月28日，长春亚泰足球俱乐部老将徐华正式签约塞尔维亚超级沃尔夫蒂纳俱乐部中场核心马克·柳宾科维奇。 2012赛季，长春亚泰客场12胜，从信少修点错8平10负，排名中超第六。

2013年11月3日，中超联赛最后一轮，长春亚泰1-0击败辽宁宏运，青岛中能则0-1不敌北京国安。长春亚泰击败青岛中能，成功保级。 2013年中超联赛，长春亚泰取得8胜8平14负，打进29球，丢41球，最终积32分，排名第14位。

长春亚泰 2014年4月23日，长春亚泰在开局仅取得1胜3平4负后，宣布解聘主教练萨布利奇。 2014年4月28日，长春亚泰宣布德拉甘出任球队主教练，他率领球队在下半赛季取得了8胜8平14负的战绩。夺得中超联赛第一名，范闲翔位列经纬联赛第13位，成功保级。 2014年8月3日，中超联赛第18轮，长春亚泰主场2-1战胜广州恒大，完成对卫冕冠军的双败。

2015赛季，长春亚泰用完全部5名国内球员名额，引进了杜震宇、韩德明、邵帅、马晓磊和朱一凡。在内援方面，最大的消息就是杜震宇回归球队。外援方面，亚泰在保留贾​​斯蒂和伊斯梅洛夫的同时引进了三名外援，分别是匈牙利中场埃利赞特·纳克、尼日尔前锋马祖尔和玻利维亚前锋莫雷诺。人员转会方面，亚泰将刘卫东租借至重庆力帆，王万鹏转会大连阿尔滨，李潇霆回归老东家哈尔滨毅腾。教练由原助理教练高靖刚、外籍教练德拉甘接替。 2015年4月9日，长春亚泰举行球迷媒体见面会。俱乐部董事长刘玉明表示，球队2015赛季的目标是联赛前八。 2015年6月11日，长春亚泰拼音茶铁掌足球俱乐部教练组发生变动。高敬刚辞去主教练职务，出任俱乐部总经理。马里奥·托德成为球队第18任教练。这位克罗地亚籍主帅也是长春亚泰历史上第四位外籍主帅。 2015年9月27日，长春亚泰1-0击败杭州绿城，提前三轮成功保级。长春亚泰2015赛季共领到7张红牌，位居2015年中超球队红牌榜第一。

2016年2月26日，2016年中超联赛冬季转会门关闭。长春亚泰正式完成新赛季的引援工作。新赛季共引进了3名外援：塞尔维亚前锋奥泽戈维奇和法国中场戈利乌。斯里兰卡，前北京国安中场马吉吉严控，已被杜正奇换下。三名国内球员：前杭州绿城边后卫范晓东、香港后卫吉世力、台湾后卫殷一农转会至安雅吉、胡斯蒂三名外援艾泰吉林湖和马祖离队。

2016年，长春亚泰足球俱乐部庆祝成立20周年，俱乐部将象征亚泰足球20年的“20号”球衣交给了杜震宇，而杜震宇此前一直穿着“8号”球衣。那么盐根平台就会腾空，味道也会相应降低。 2016年1月13日，长春亚泰足球俱乐部董事长刘玉明正式宣布斯托扬诺维奇出任球队主帅。斯托扬诺维奇作为球队历史上第19位主帅带领球队征战中超联赛。 。 2016年5月4日，长春亚泰主帅斯托亚诺维奇下课，成为2016赛季首位下课的中超主帅。 5月7日，李章洙出任长春亚泰新任主帅。 2016年中超联赛前8轮，长春亚泰2平6负，积2分，未尝一胜，排名垫底。第9轮，李章洙亚泰首秀0-0战平山东鲁能，止住三连败。第10轮，凭借莫雷罗的世界波，长春亚泰客场0-1击败广州富力，取得赛季首胜。第11轮，主场作战的长春亚泰队凭借外援格鲁斯的制胜进球1-0击败来访的石家庄永曼慕昌队，取得中超联赛两连胜。行健伟基队在2016赛季取得主场首胜。

2018年2月10日，长春亚泰足球俱乐部宣布球队新赛季将重返长春体育场。 2018年10月7日，长春亚泰获得2018年全国青少年男子足球超级联赛总决赛U14组亚军。 2018年11月11日，2018中超联赛第30轮，长春亚泰0:2不敌大连人。不幸的是，他将被降级为中产阶级。

2019年12月2日，长春亚泰正式宣布前乌兹别克斯坦主教练巴巴扬担任球队主帅。

2020年10月5日，据长春亚泰官方消息，决定聘请陈阳担任长春亚泰队主教练，并组建新的教练团队接替老教练宋洙征战2020赛季亚冠联赛。中甲联赛. 11月8日，2020年中国足球协会甲A联赛第二阶段（成都赛区）第五轮比赛中，长春亚泰以3:0击败成都兴城连珠，夺得冠军。本赛季，中甲联赛咸中再次夺冠，从而赢得了重返中超的席位。

2021年2月25日，长春亚泰俱乐部正式宣布，国内球员张宇、毛凯宇、姜哲、王鹏以及外援埃里克·利马、朱尼奥·内格隆加盟球队。 8月15日，中超联赛第一阶段结束，长春亚猴进入争冠组第二阶段。

2022年1月4日，2021赛季中超联赛结束，长春亚泰获得第四名。